1936年夏，彭真调任中共中央北方局组织部长。

    1936年9月，蒋南翔（曾任中共清华大学党支部书记、中共北平西郊区委书记）、徐高阮（又名徐芸书，1936年初曾任中共北平市委宣传部长）分别写信给北方局，谈了北平党内意见分歧情况。当时，北平党内以徐高阮、蒋弗华为代表的一些人，在《学生与国家》、《国闻周报》等刊物上发表了《青年思想独立宣言》、《论共产党问题》等文章，公开倡导青年们拒绝中国共产党的影响，提出“青年运动必须让真正的原始感情支配”，“莫再傍人门墙，好回到自己的天真，树立起自已的意见”，引导青年走第三条道路；同时对学生运动提出“无条件统一论”，主张解散学联，解散民先队。徐高阮与中共北平市委李葆华等领导以及清华大学蒋南翔等之间存在尖锐分歧意见。当时北平党的领导机关内部也对如何领导学生运动存在意见分歧。一些作过工农工作的领导人与学生出身的干部在工作方式和生活习惯方面有很大差距，工作中常不能取得一致意见。这种状况影响了北平党的工作的正常开展。

    北平党内意见分歧的状况和当时民族矛盾不断上升的严峻斗争形势的需要不相适应。为了改善北平党的领导，消除党内意见分歧，加强对北平抗日救亡工作的领导，刘少奇派北方局组织部长彭真以北方局代表身份到北平指导工作。

    1936年9、10月间，彭真找中共北平市委书记李葆华听取情况汇报，又找中共清华大学党支部书记赵德尊了解情况。之后，彭真到清华大学，住地下党员杨德基（杨述）处，了解清华大学党组织情况，曾找蒋南翔、徐高阮谈话。最后，他对中共清华大学党支部的工作给予肯定。

    经过全面深入的调查了解，根据党的新策略，即抗日民族统一战线策略的贯彻执行情况，彭真对中共北平市委的工作提出了批评，同时也提出了改进工作的意见：

    一、从政治领导上来检查，存在的问题是：只有一般的政治号召，没有抓紧现实的事变和机会开展群众运动，不会动员群众进行公开活动，使政治斗争脱离群众的日常斗争；指出应利用各种合法组织、合法运动和合法手段来进行公开活动；应该特别注意群众需要什么，要作些什么，能作些什么。

    二、从组织生活与领导方式来检查，存在的问题是：只注意机械地服从组织，因而束缚了同志们的创造性，并且忽视了开展工作；指出要相信广大党员和群众的创造性，要把党的决议和指示传达给他们，和他们议论，使他们自觉地接受、消化、吸收，成为他们自己的意见，并且能够灵活地运用，使每个同志都能充分地发挥其创造力。

    三、从干部政策上来检讨，存在的问题是：一些优秀干部长期使他们闲散着，并常常打击一些干部；指出应对干部加强教育、帮助，简单地撤换调动的作法必须纠正，绝不能任意打击干部。

    1936年10月21日，彭真依据他广泛深入地调查了解所收集到的情况和所收到的18份意见书，写了《根据党的新策略来检讨北平工作》的文章，并在北方局党内刊物《火线》上发表。彭真在调查研究中注意到，北平党的工作大部分集中在学生中，学生党员占了北平党员的绝大多数。根据实际工作的需要，彭真采纳北平党内一些同志提出的“此后北平的学生运动最好由学生运动出身的学生同志自己来领导”的意见，向李葆华提议成立中共北平市学生工作委员会。北平学委开始时由黄敬任书记，一个月后由蒋南翔接任。中共北平市学生工作委员会成立后，领导北平学生运动的职责由北平市委移交给北平学委直接领导。北平学联、北平民先队、全市各大中学校党支部统归北平学委直接领导。1936年11月，彭真代表北方局再次到北平，对北平党组织领导成员作了一些调整，刘杰任农委书记，李俊明任文委书记，蒋南翔任学委书记。

    1936年12月5日，在彭真直接领导下，北平、天津、太原、西安、归绥、保定、洛阳等地的抗日救亡团体代表在天津举行华北各界救国联合会成立大会。参加华北各界救国联合会筹备工作的有清华大学哲学系教授张申府以及文化教育界著名人士邢西萍、杨秀峰、张友渔、于毅夫和北平学联代表、民先队代表、天津学联代表等。会上讨论了抗日救亡运动组织的团结和援助绥远抗战等问题。彭真经常参加华北救国会领导人的会议，阐述当前形势和党的方针政策，并对华北救国会的工作有所指示。

    1936年12月西安事变发生后，北方局在没有得到中共中央指示前未急于表示态度。中共中央确定了和平解决西安事变的方针并派周恩来前往西安之后，彭真在北平找许德珩、张友渔等开会，传达中共中央精神，说明释放蒋介石对避免引起内战，争取共同抗日的重要性。张友渔、许德珩等党内外人士一致拥护和坚决支持中共中央的正确决策，并为团结抗战积极工作。

    1936年12月，中华民族解放先锋队改由中共中央北方局直接领导，彭真与民先总队长直接单线联系。在彭真领导下，李昌等进行了民先队全国代表大会的筹备工作。这段时间，李昌经常与彭真见面，有时在公园，有时在茶馆，有时在张瑞芳家里。当时，张瑞芳的姐姐张楠已经入党，根据组织安排，张捕向其母廉维说明了她的共产党员身份，并说明她的同志经常要到她家开会。其母不仅爽快地答应，还设法为会议警戒，有时为大家准备饭食，还保存过党的文件。彭真在与李昌的频繁接触中，详细审阅、修改了民先全国代表大会的报告、章程及其他文件。1937年2月6日，中华民族解放先锋队总队第一次全国代表大会在北平召开，有18个地区或单位的24名代表出席，代表6000名民先队员。大会选举李昌、李哲人、刘导生等7人为民先总部负责人。

    1936年12月至1937年1月，彭真两次主持召开中共北平学委扩大会，黄敬、蒋南翔、李昌、高承志（北平左联党的负责人）等参加会议。两次会议会址都在张瑞芳家里。会议主要内容是贯彻中共中央关于抗日统一战线的精神，统一思想认识，研究第二次国共合作后学运工作如何开展，北平党内以徐高阮为代表的少数人，极力主张在国共合作后应承认国民党在抗日战争中的领导权，甚至主张思想自由化，既要摆脱三民主义对青年学生思想的束缚，又要摆脱马列主义对青年学生思想的“束缚”。彭真主持召开两次学委扩大会，意在肃清徐高阮等人错误思想的影响，保证党的统一战线策略的贯彻执行。彭真还对徐高阮提出的关于“旧瓶不能装新酒，要彻底肃清老干部”的论调提出过批评。不久，徐高阮被开除出党。

    1937年1月，彭真主持调整中共北平市委领导成员：黄敬任市委书记，调李葆华到北方局工作。彭真随即派李葆华到张家口、绥远东北义勇军垦区检查工作。李葆华根据他检查工作时了解到的情况，提议由东北学生领袖白乙化任绥远东北义勇军垦区中共工委书记，以便掌握那里的一二百人和一批枪支。彭真表示同意。